Primer de tot, tancarem gconftool i Evolution:

$ gconftool-2 --shutdown
$ evolution –force-shutdown

Llavors farem el back-up:

$ cd $HOME
$ tar czf evolution-backup.tar.gz --exclude=.evolution/mail/imap .evolution .gnome2_private/Evolution
$ gconftool-2 --dump /apps/evolution > evolution_setting.xml

Aquestes comandes hauran generat dos fitxers en la nostra carpeta HOME: evolution-backup.tar.gz i evolution_setting.xml que són els dos fitxers que haurem de portar a l’ordinador on volem restaurar la configuració. Tot seguit, durem a terme el procediment contrari en l’ordinador de destí:

$ gconftool-2 --shutdown
$ evolution --force-shutdown
$ tar xzf evolution-backup.tar.gz
$ gconftool-2 --unload evolution_setting.xml
$ gconftool-2 --load evolution_setting.xml

Una vegada haurem executat els comandaments, ja podrem arrencar Evolution a l’ordinador de destí i aquest tindrà tots els comptes perfectament configurats, així com totes les dades de contactes, notes, tasques i tots els correus.

Font: http://www.guia-ubuntu.org/index.php?title=Evolution#Copia_de_seguridad

Anotacions relacionades:

• Còpies de seguretat i sincronització amb Grsync
• Grsync, sincronització de directoris

Els valors per rebre el correu són:

Tipus de Servidor: POP
Servidor: pop3.live.com:995
Usuari: elteucorreu@live.com o  elteucorreu@hotmail.com
Utilizar conexió segura: Xifrat SSL
Tipus d’Autenticación: Contrasenya

Els valors per enviar el correu són:

Tipus de Servidor: SMTP
Servidor: smtp.live.com:587  (A continuació s’ha de seleccionar “El servidor requereix autenticación”)
Utilizar conexió segura: Xifrat TLS
Tipus d’Autenticación: Entrada
Usuari: elteucorreu@live.com o  elteucorreu@hotmail.com

Font: http://www.tutoriales-ubuntu.com/

Anotacions relacionades:

• Correu brossa a l'Evolution
• El que ens espera amb l’Evolution 3.4

La funció principal de Planner consisteix doncs en la construcció del diagrama de Gantt, que és una popular eina gràfica que serveix per mostrar el temps de dedicació previst per a diferents tasques o activitats al llarg d’un temps total determinat. Els diagrames de Gantt són una un recurs bàsic en la gestió de projectes de tot tipus, i tenen la finalitat de representar les diferents fases, tasques i activitats programades com a part d’un projecte al llarg del temps.

Exemple de planificació d'un projecte d'investigació mitjançant Planner

El diagrama és útil per poder avaluar la relació entre temps i càrrega de treball, i està compost per un eix vertical on s’estableixen les nostres illes que constitueix el treball que es va a executar, i un eix horitzontal que mostra en un calendari la durada de cadascuna d’elles.

Planner està compost per quatre seccions. La primera permet dibuixar el diagrama de Gantt, la segona permet descriure minusciosament cada tasca afegida, la tercera  serveix per definir els recursos dels quals disposa el projecte, i la quarta permet indicar de quina manera s’hauran d’utilitzar aquests recursos. Les quatres seccions del programa es troben disponibles en el menú lateral del programa.

Planner és una aplicació GTK+ escrita en C i sota la llicència GPLv2. És capaç d’emmagatzemar les seves dades en qualsevol dels fitxers XML o en una base de dades PostgreSQL. Els projectes també es poden imprimir a PDF o exportats al format HTML per a una fàcil visualització des de qualsevol navegador web. Es pot instal·lar des del gestor de paquets Synaptic on actualment hi trobarem la versió 0.14.3.

No hi ha anotacions relacionades.

Potser la característica més important que ens ofereix ExPASy són les seves eines de treball sobre qualsevol aspecte de les proteïnes. Aquest servidor web és un referent en el món de les proteïnes.

Si accedim a la secció d’eines veurem la dimensió del projecte. En aquesta secció hi ha classificades totes les eines que es poden utilitzar lliurement. Podem identificar i caracteritzar una proteïna seguint diferents models, podem obtenir la proteïna resultant d’una seqüència de ADN, podem fer cerques per alineament, cerques per perfil i patró, predicció de modificacions post-traduccionals i predicció de la topologia de les proteïnes.

A més a més, podem fer anàlisis sobre els diversos nivells estructurals de les proteïnes: anàlisi d’estructura primària, predicció d’estructura secundària, anàlisi i predicció d’estructura terciària, anàlisi d’estructura quaternària i visualització de proteïnes.

Però la llarga llista d’eines no s’acaba aquí perquè encara podem trobar més eines per fer alineaments de seqüències simples i múltiples, anàlisis filogenètics i anàlisi de característiques molt precises de les proteïnes.

Secció d'eines a ExPASy, on es pot treballar sobre qualsevol aspecte de les proteïnes

La secció de bases de dades ens permet accedir a una gran quantitat de bases de dades de seqüències de proteïnes com UniProt Knowledgebase (Swiss-Prot i Trmbl) i Enzime, un repositori d’informació relativa a la nomenclatura d’enzims, que descriu cada tipus d’enzim caracteritzat per el que s’ha assignat un número EC (Enzyme Commission). També trobem altres bases de dades com ProSite, Swiss-2DPAGE, Swiss-Model Repository, ViralZone i altres. Els servidors web sempre trobem molta informació en bases de dades que estàn interconnectades, cosa que permet globalitzar la informació i tenir-ne un ràpid i fàcil accés. També és important remarcar que el servidor funciona en col·laboració amb l’Institut Europeu de Bioinformàtica des de l’1 d’agost de 1993.

En la secció d’educació i serveis hi podem trobar diverses eines d’obtenció de seqüències, divulgació de ciència popular, un portal d’aprenentatge de bioinformàtica i proteòmica (e-Proxemis) i fins i tot un joc, Swiss-Quiz. Per últim, en la secció de doumentació trobem una gran quantitat de documents on hi trobem informació de caracter general, sobre nomenclatura i sobre característiques específiques d’algunes espècies.

Anotacions relacionades:

• Visualitzador d'estructures de proteïnes RasMol
• Visualitzador d'estructures de proteïnes Jmol

El programa ens permet visualitzar i explorar proteïnes interactivament. Ens mostra la proteïna que nosaltres vulguem en tres dimensions, i ens permet fer-la girar i poder-la veure des de totes les perspectives possibles.

Hi ha tres maneres diferents de controlar el programa. Amb el ratolí, on només hi trobarem les opcions més bàsiques com ara canviar l’angle de visió, fer el zoom i determinar les posicions dels àtoms que formen part de la proteïna. Amb un menú desplegable, on hi trobarem la gran majoria de les possibilitats que ens ofereix el programa. I finalment amb una consola, on podrem escriure les comandes que siguin del nostre interès seguint el mateix llenguatge que s’utilitza en el programa RasMol.

El menú desplegable és molt complet i és la principal eina que es fa servir. Des d’aquest menú podem dur a terme moltes accions. Per començar, hi podem llegir una breu descripció de la proteïna. Després, hi trobem les opcions d’Estil (on hi podem escollir la manera de representar la proteïna), de Color (es poden remarcar diverses estructures segons el color), de Superfícies (es poden visualitzar àtoms i enllaços que actuen sobre la superfície de la proteïna), d’Animació (permet veure els moviments que fa la proteïna quan es mostra activa) i de Mesures (es poden calcular distàncies entre dos punts de la proteïna).

Visualització de l'estructura de la proteïna insulina a través de Jmol

Per altra banda, en el menú desplegable també trobem altres opcions com són la de carregar arxius, desar imatges, canviar la llengua, obrir la consola, posar eixos en la imatge i moltes altres. Un altre avantatge que ens ofereix aquest programa és que està traduït al català.

Per tal que pugueu manejar en primera persona el programa, us presento la entrada de la famosa proteïna insulina a la Base de Dades de Proteïnes. Si cliqueu a l’enllaç, entrareu directament a la pàgina de la insulina on hi ha Jmol, i hi  podreu visualitzar la proteïna i observar totes les prestacions que el programa ens ofereix.

Si us ha agradat el programa, en podeu obtenir més informació a la Wiki del projecte. En aquest enllaç trobareu una guia que ensenyar a fer servir el programa d’una manera fàcil i didàctica. I ja per acabar, en aquest altre link trobareu un llistat de les pàgines web que utilitzen aquesta miniaplicació.

Jmol és de lliure distribució i codi obert. Es troba sota llicència GNU-LGPL. Jmol corre amb diversos sistemes operatius i en qualsevol navegador que reconeixi Java.

Anotacions relacionades:

• Visualitzador d'estructures de proteïnes RasMol
• El servidor d'anàlisi de proteïnes per excel·lència (ExPASy)

Bàsicament, el procés per poder representar una proteïna s’inicia amb la descàrrega del seu fitxer PDB. Una vegada ja tenim el fitxer, el podem obrir des del programa RasMol. Aquest programa té principalment dos menús desplegables importants. El primer (Display) fa referència a la manera de Visualitzar la proteïna. Des d’aquest menú podem seleccionar diverses opcions, com són l’esquelet de la proteïna, l’espai ocupat pels àtoms, el dibuix de l’estructura secundària i la superfície molecular, entre d’altres. El segon (Colours) ens permet triar els colors que vulguem per representar diverses característiques de la molècula. Podem acolorir-la segons la temperatura, l’estructura secundària, tota d’un sol color, per dominis, etc.

Visualització de la superfície molecular d'una proteïna amb RasMol

Un cop ja tenim la proteïna representada segons el nostre interès, podem fer-la girar i visualitzar-la des de diferents angles per tal de veure’n les característiques estructurals des de tots els punts de vista.

Per últim, RasMol inclou un llenguatge propi que permet escollir múltiples opcions de representació. Es poden seleccionar certes cadenes proteiques, es poden canviar els colors, i es poden fer zooms sobre punts concrets. Hi ha una llista molt llarga de comandes, que podeu trobar en el manual de RasMol.

Actualment, us podeu instal·lar directament la versió 2.7.4.2 des del Gestor de Paquets Synaptic, o bé podeu executar la següent ordre a la terminal:

sudo apt-get install rasmol

Si voleu provar de visualtizar una proteïna de la mateixa manera que ho faria un investigador científic, ara és el moment! Ara que ja teniu el programa instal·lat, només us heu de baixar un fitxer PDB, com per exemple el de la mioglobina. Podeu accedir a la entrada de la mioglobina (per tenir informació de la proteïna escrita a la Base de Dades de Proteïnes) i al fixer PDB de la mioglobina (que us haureu de desacarregar). Un cop descarregat el fitxer PDB de la mioglobina, entreu al programa, obriu el fitxer de la proteïna i ja la podreu visualitzar. Podeu donar un cop d’ull als menús que he explicat abans i anar jugant amb les diverses opcions que ens ofereix. Una combinació molt bonica és la de Cartoon (dins del desplegable Display) i acolorir-la amb Temperature o Structure (dins del desplegable Colours). Espero que us agradi aquesta petita aventura dins del món de les proteïnes!

Representació tridimensional de la mioglobina amb el programa RasMol

Aquest programa va ser originalment desenvolupat per Roger Sayle. Històricament, va ser una eina important per als biòlegs moleculars ja que el programa, extremament optimitzat, permetia a l’usuari fer-lo córrer en ordinadors personals modestos. Abans, els programes visualitzadors de macromolècules només funcionaven en estacions gràfiques de treball, en les quals els estudiants tenien difícil accés. RasMol ha esdevingut una eina educacional i de recerca important en el camp de biologia estructural.

RasMol és un programa multiplataforma i sota llicència GNU General Public License . Aquest fet encara el fa ser més especial, ja que altres programes de representació d’estructures tridimensionals de proteïnes no tenen una llicència oberta (encara que siguin gratuïts).

Anotacions relacionades:

• Banc de dades de proteïnes (Protein Data Bank, PDB)
• Visualitzador d'estructures de proteïnes Jmol

Les dades de les estructures es guarden en un format específic estàndard per representacions d’estructures de macromolècules determinades bàsicament mitjançant dos mètodes: per Difracció de Rajos X i per Ressonància Magnètica Nuclear.

Aquestes dades sobre les característiques i les estructures de les proteïnes són enviades pels científics i els centres d’investigació de tot el món. Cada dia es rep la informació d’unes quantes proteïnes recentment descobertes o estudiades, i la base de dades és actualitzada cada setmana. Actualment, PDB conté la informació de prop de 60.000 proteïnes.

La pàgina web de PDB també ens proporciona una àmplia varietat d’eines i recursos. Els usuaris poden realitzar cerques  simples o avançades, basades en anotacions relacionades amb la seqüència, estructura i funció de les proteïnes. També es pot buscar segons el codi de cada proteïna, atorgat per la base de dades de PDB, o per altres paràmetres.

Fitxa PDB de la Hemoglobina humana adulata

Un cop trobada la proteïna que ens interessa, podem visualitzar-la i analitzar-la. Cada proteïna té una fitxa pròpia molt completa on apareix en primer lloc un resum sobre totes les seves característiques. Si es vol, es pot aprofundir en cadascun dels apartats que són: una intensiva descripció molecular de la proteïna, sistema de classificació segons diversos mètodes, la seva representació en tres dimensions, informació sobre la seqüència d’aminoàcids, semblança amb altres proteïnes, informació química i bioquímica, geometria de la macromolècula, mètodes d’obtenció de la informació, literatura en la qual apareix la proteïna i diversos links on podem trobar la mateixa proteïna.

A més a més, la informació de cada proteïna es pot visualitzar i descarregar en diversos formats d’estructura de proteïnes. Els dos formats més habituals són el format .PDB (no confondre amb la base de dades de proteïnes) i el .FASTA (no confondre amb el programa d’alineament de proteïnes). Un cop descarregada la informació de la proteïna que ens interessi, la podem visualitzar amb més precisió gràcies a programes com el RasMol o el JMol.

Tota la informació que hi ha en aquesta base de dades està sota domini públic i pot ser utilitzada lliurement pels usuaris.

Anotacions relacionades:

• Visualitzador d'estructures de proteïnes RasMol
• El servidor d'anàlisi de proteïnes per excel·lència (ExPASy)

El fet de poder conèixer quin és l’ordre dels nuclèotids (subunitats de ADN, representades per les lletres A, T, C i G) dins del genoma humà és molt important. De fet, l’objectiu final del Projecte Genoma Humà consistia en trobar quin era l’ordre dels nucleòtids que formen el material genètic de l’home. El procés de buscar aquest ordre al complet i traduir-lo en una successió de lletres s’anomena seqüenciar el genoma.

Actualment, el mètode de seqüenciació més utilitzat és el Métode de Finalització de Cadena, en el qual mitjançant uns marcadors específics de radioactivitat o fluorescència es pot arribar a obtenir un gràfic anomenat cromatograma, que ens dóna informació més o menys exacta de quin és l’ordre dels nucleòtids en el genoma humà. Aquest gràfic consta de diverses línes en les quals cada color representa un tipus de nucleòtid. Els punts on la línia té més alçada (els pics) indiquen que en aquella posició hi ha aquell mateix tipus de nucleòtid. Si es van llegint tots aquests pics, un a un, es pot arribar a obtenir tota la seqüència ordenada de nucleòtids.

Cromatograma on s'aprecia l'ordre (d'equerra a dreta) dels nucleòtids a dalt de cada pic.

El problema més gran que hi ha és que el genoma humà té aproximadament 3000 milions de nucleòtids. Per tant, necessitem programes informàtics que siguin capaços d’interpretar els cromatogrames i de construir ells sols les seqüències de lletres que representen el genoma humà, ja que realitzar aquesta tasca manualment és del tot impossible. Un altre problema rau en el fet que els cromatogrames poden contenir com a màxim la informació sobre 700 nucleòtids, perquè si n’augmentem el número disminueix molt la fiabilitat i la qualitat de l’experiment. Per tant, la seqüenciació del genoma humà s’ha d’anar fent de cromatograma en cormatograma (de 700 en 700) fins arribar a la totalitat del genoma (3000 milions). Per poder fer aquestes particions, cal identificar en quin lloc comença el tros de seqüència que estem analitzant i en quin lloc acaba. Amb l’objectiu de solucionar aquests problemes us presentem els dos programes següents.

Trev es pot resumir com un visualitzador i editor de cromatogrames, és a dir, un programa que desenvolupa una interfase per a l’ensamblatge del ADN. Trev és una eina que serveix per processar fitxers resultants de cromatografies de seqüenciació (com els que són produïts per instruments ABI). El programa carrega en memòria el gràfic que se li ordena, i ens mostra com a sortida la seqüència de nucleòtids corresponent. A més, aquest programa ens assessora de la fiabilitat que té l’experiment de seqüènciació mitjançant un análisi de qualitat, a través de la puntuació qualitativa Phred. El problema de Trev és que no ens marca per defecte l’inici i el final de la seqüencia, de manera que ho haurem de fer manualment.

Pregap4 ens permet fer un examen més complet dels cromatogrames. Aquest programa té les mateixes prestacions bàsiques que el programa Trev, però a més a més, Pregap4 ens ajuda a fer la identificació de vectors (trossos de seqüencia que s’han d’eliminar ja que ens aporten informació redundant i externa al genoma humà) i la  detecció de contaminació i repeticions errònies. Però el més important és que és un programa que ens prepara de manera automàtica les seqüències de ADN a partir del gràfic, i que determina el lloc de tall inicial i final de les seqüències mitjançant l’análisi qualitatiu.

El conjunt de programes Staden va ser desenvolupat pel grup de Roger Staden a la MRC-LMB de Cambridge a Anglaterra des de 1977. En un principi, el Staden Package era disponible gratuïtament pels estudiants, amb més de 2500 llicències durant el 2003 i aproximadament unes 10000 durant del 2004. Però aquell mateix any, els diners destinats a la investigació del grup van ser tallats. Llavors, el Staden Package es va convertir en programari lliure (sota llicència BSD) i algunes noves versions van aparèixer el 2004, el 2005 i el 2009. Si es desitja, el paquet de programes es pot descarregar de la pàgina web que manté el projecte. Durant els anys de desenvolupament actiu, el grup de Staden també va publicar alguns formats de fitxers. Els formats, que serveixen per contenir la informació dels cromatogrames, van ser el SCF i el ZRT. Aquests dos formats van esdevenir formats lliures.

Anotacions relacionades:

• Bioinformàtica
• Visualitzador d'estructures de proteïnes Jmol

Hem de començar explicant per què ens interessa conèixer el genoma humà, i crec que la millor manera de fer-ho consisteix en fer un paral·lelisme entre el cos humà i un programa informàtic. Vosaltres sabeu que per saber realment com funciona un programa hem de conèixer quin és el seu codi font. Per tant, per saber com funciona el cos humà també hem de conèixer el seu codi font, que en aquest cas seria el material genètic: una combinació de 3000 milions de nucleòtids (subunitats de ADN). Informàticament, tots aquests nucleòtids es poden representar per una seqüència de lletres (hi ha quatre tipus diferents de nucleòtids i cada un es representa per una lletra diferent: A, T, C o G). En determinats punts d’aquesta seqüència es troben els anomenats gens, que segons tinguin una seqüència de lletres o una altra formaran una proteïna o una altra amb la seva respectiva funció.

Els gens contenen la informació per crear les proteïnes

El genoma humà és un dels més estudiats i va ser descobert en la seva totalitat l’any 2003. Quan es busca el codi genètic d’altres organismes, sempre s’obtenen seqüències de nucleòtids que en un principi no se sap què volen dir. Gràcies a les investigacions, ja es coneixen quines són les seqüències dels gens humans i quines funcions tenen. Per tant, si comparem les seqüències de l’organisme que estem investigant amb les seqüències de ADN humà podem trobar regions locals que s’assemblin molt, i per tant, podrem descobrir els gens (i les seves funcions) del nou organisme.

Una vegada fets aquests aclariments, podem continuar amb la descripció del programa. El  BLAST és capaç de comparar una seqüència problema (comunament anomenada query, i que en l’exemple anterior seria una seqüència de l’organisme que s’està investigant) amb una gran quantitat de seqüències d’informació coneguda que es trobin en una base de dades. L’algorisme troba les seqüències de la base de dades que tenen major semblança a la seqüència query.

Volem saber quina funció té aquest gen del moniato

Normalment el BLAST és fa servir per a trobar probables gens homòlegs. En general, quan és obtinguda una nova seqüència, es fa servir el BLAST per a comparar-la amb altres seqüències que han estat prèviament caracteritzades i d’aquesta manera, poder trobar la seva funció de la nova seqüència. El BLAST és l’eina més usada per a l’anotació i predicció funcional de gens o seqüències proteiques. S’han creat moltes variants per a resoldre alguns problemes específics de recerca.

Després de fer un alineament amb el BLAST, descobrim que es tracta del gen que expressarà la proteïna beta-amilasa!

El BLAST és un programa de llicència lliure i es pot usar gratuïtament des del servidor de l’NCBI (National Center for Biotechnology Information, EE.UU.). Si es desitja també està disponible per a ser instal·lat localment. L’avantatge del servidor de l’NCBI és que l’usuari no ha de mantenir ni actualitzar les bases de dades i que la recerca es fa en un cluster d’ordinadors, que atorga molta rapidesa.

Anotacions relacionades:

• Visualitzador d'estructures de proteïnes RasMol
• Visualitzador d'estructures de proteïnes Jmol

Qui no ha sentit a parlar mai de la Biotecnologia, dels Biocombustibles, o potser de la Bioinformàtica? Hem de reconèixer que el prefix Bio està de moda. En aquests temps moderns que corren, sembla que col·locar aquesta petita paraula davant d’una altra la fa convertir en una de més especial. Però la veritat és que Bio només indica que una cosa té a veure amb la Biologia, la ciència que estudia les lleis de la vida.

Per tant, fent una ràpida deducció podem arribar a la conclusió que la Bioinformàtica consisteix en l’aplicació de les eines informàtiques per tal de resoldre problemes que es plantegen en el món de la Biologia. Generalment, dins d’aquest sector sempre es treballa amb programari lliure, i és per això que m’interessa introduir aquest concepte i explicar-ne bàsicament les seves utilitats.

La Bioinformàtica està estretament relacionada amb les tècniques d’anàlisi que inclouen la informàtica, la programació, la matemàtica aplicada, l’estadística, la bioquímica i la genètica molecular. La fusió de totes aquestes eines, enfocades cap al món de la Biologia, permet solucionar problemes diversos, analitzar dades i simular sistemes o mecanismes.

Representació d'una proteïna 1

El finalitat principal d’aquestes tècniques es troba en la utilització de recursos computacionals per tal de solucionar o investigar problemes sobre escales de tal magnitud que sobrepassen la capacitat humana de discernir. S’han d’utilitzar eines informàtiques a fi d’extreure informació útil de dades produïdes per tècniques biològiques d’alta productivitat. Per exemple, una vegada es seqüencia el genoma d’una persona es tenen aproximadament 3 ×10⁹ nucleòtids (subunitat de ADN). Cada nucleòtid es pot representar amb una lletra (A, T, C o G). Per tant, és impossible tractar una seqüència de 3 ×10⁹ lletres seguides si no es fa per ordinador.

Bàsicament, en la Bioinformàtica es treballa amb fitxers de text. La mida d’aquests fitxer pot ser tan gran com la xifra que us he donat abans. Però això no acaba aquí, perquè no només hi ha seqüenciat el genoma d’una persona sinó que també en tenim d’altres persones, animals i organismes vius. Això ens porta cap a la formació de bases de dades i recursos compartits entre els centres d’investigació a internet. La informació s’ha de compartir ja que la investigació costa molts diners, és molt lenta i necessita contrastar hipòtesis. Seria molt absurd i no sortiria a compte repetir experiments a diferents llocs una vegada i una altra! Així doncs, com ja us podeu imaginar, sempre es treballa amb programari lliure i es comparteix la informació, de manera que si un científic (o qualsevol persona del món) vol accedir a la informació sobre uns gens determinats descoberts per algú altre, ho pot fer sense cap mena de problema.

Els gens MCA1 i YOR205C dels llevats.

Els principals esforços d’investigació en aquests camps inclouen l’alineament de seqüències, la predicció de gens, muntatge de genomes, alineament estructural de proteïnes, predicció d’estructura de proteïnes, suport de la teoria de l’evolució i altres aplicacions.

El món de la Bioinformàtica és molt interessant i extens, així que de mica en mica aniré escrivint sobre les eines informàtiques que es fan servir, que poden anar des de senzilles línies de comandes interpretades per la terminal, fins a programes gràfics més complexes i serveis web.

Representació d'una proteïna 2

Anotacions relacionades:

• Visualitzador d'estructures de proteïnes RasMol
• Visualitzador d'estructures de proteïnes Jmol

En la distribució Ubuntu, instal·lada amb l’entorn d’escriptori Gnome, hi ha una carpeta que s’anomena Plantilles. Aquesta carpeta es troba dins la carpeta Usuari, i per tant, en el meu cas és la carpeta /home/roger/Plantilles. Explicarem com funciona aquesta carpeta mentre intentem sol·lucionar el problema que hem exposat abans.

Primer de tot, hem d’obrir el full de càlcul. Ho farem des de Aplicacions -> Oficina -> Full de càlcul de l’OpenOffice.org. Un cop obert el programa, sense omplir cap casella ni modificar-lo, el desarem a la carpeta Plantilles i li posarem el nom que vulguem. A mi m’agrada Calcular, així que guardaré el fitxer amb aquest nom. A partir d’ara, quan cliqui el botó dret del ratolí i esculleixi l’opció “Crea un document”, ja podré disposar de “Fitxer buit” i de “Calcular”. Ja haurem aconseguit el nostre objectiu.

D’aquesta mateixa manera, podeu guardar còpies buides dels diversos programes que utilitzeu a la carpeta Plantilles, i els podreu crear amb un parell de clics de ratolí. Aquí us ensenyo tots els fitxers que he col·locat a la carpeta Plantilles i com els puc crear amb el ratolí.

Fins i tot podeu guardar fitxers plens, de manera que quan els creareu, obtindreu una còpia exacta del fitxer ple. Per exemple, si sempre escriviu cartes que comencen de la mateixa manera, es pot crea un fitxer de text escrit a la carpeta Plantilles que es digui “Carta preferida”, i cada vegada que creeu el fitxer us apareixerà una còpia.

Suposo que molta gent ja sap com va aquesta carpeta, però segur que n’hi ha d’altres que encara no n’havien sentit a parlar. Espero que us serveixi d’alguna cosa aquest petit tutorial. Ànims i a seguir amb el programari lliure.

Anotacions relacionades:

• Recull – 21/2/2009
• Enquesta nova: Encerta Ubuntu amb Unity?

La manera més fàcil d’administrar les draceres del teclat és a partir del menú principal de l’entorn gràfic, és a dir, seguint el següent camí Ajustaments -> Gestor d’ajustaments Xfce 4 -> Teclat -> Dreceres. Un cop arribem en aquest menú, s’ha de crear un nou teclat clicant aTemes -> Afegeix i després Dreceres -> Afegeix. Un cop haurem arribat en aquest punt, només cap clicar la tecla que volguem i escriure l’0rdre que s’executarà en prémer-la.

Per exemple, si vull que quan premi F12 se m’obri la terminal de Xfce, afegiré la dracera clicant primer F12 i després escrivint xfterm4.

De vegades, ens podem trobar que aquest mètode no funciona per a totes les combinacions de tecles. Llavors, serà el moment d’utilitzar el segon mètode, el mètode manual. Primer de tot, haurem de saber com codifica el sistema cada tecla. Obrirem una terminal i executarem el programa xev. Per cada tecla que premem obtindrem una sortida com aquesta, on podrem llegir el nom exacte que el sistema aplica a la tecla premuda. Per exemple, si prem la tecla control de l’esquerra obtindrem:

KeyPress event, serial 34, synthetic NO, window 0x3200001,
root 0x7b, subw 0x3200002, time 3229797, (64,30), root:(636,249),
state 0x0, keycode 37 (keysym 0xffe3, Control_L), same_screen YES,
XLookupString gives 0 bytes:
XmbLookupString gives 0 bytes:
XFilterEvent returns: False

Un cop ja tenim aquesta informació, que en aquest cas seria Control_L, podem accedir amb qualsevol programa de text pla (Mousepad, Gedit, Nano…) al fixer /home/usuari/.config/xfce4/shortcuts/personal.xml on es defineixen les draceres de teclat. Només haurem d’agefir la línia que necessiteu. Si també voleu que s’obri una terminal de Xfce quan premeu F12, escriureu la següent línia:

<shortcut command="xfterm4" keys="F12"/>

I el fitxer complet quedarà de la següent manera:

<shortcuts-theme name="personal">
<shortcut command="xfce4-popup-menu" keys="Control+Escape"/>
<shortcut command="xfhelp4" keys="Alt+F1"/>
<shortcut command="xflock4" keys="Control+Alt+Delete"/>
<shortcut command="xfrun4" keys="Alt+F2"/>
<shortcut command="xfterm4" keys="F12"/>
<shortcut command="xkill" keys="Control+Alt+Escape"/>
</shortcuts-theme>

Un cop utilitzat un d’aquests dos mètodes, recordeu que heu de reiniciar l’entorn gràfic per tal que us reconegui els canvis. I per cert, si busqueu la carpeta amb el fitxer, recordeu que allà on posa /usuari/ heu d’escriure el nom del vostre usuari. M’he recolzat en la següent font per escriure aquest apunt.

Aquests dies estaré provant Xfce4 i de moment m’ha agradat molt. No he tingut cap altre dubte ni problema, així que us animo a tots a provar-lo. Una abraçada!

Anotacions relacionades:

• Controla la configuració del KDE des de sistemes GNOME, Xfce…
• Linux Mint 9 Isadora amb entorn d’escriptori Xfce

Aquest programa pot crear, editar i donar format a la fórmula utilitzant una àmplia gamma de símbols i funcions predefinits. A l’invocar Math, sota la finestra del document en el qual estem treballant, s’obre una nova finestra, dins de la qual podem, utilitzant una simbologia especial, editar fórmules.

Arribat en aquest punt, molta gent s’espanta perquè no sap per on ha de començar. Per solucionar aquest petit problema, podem desplegar un menú flotant que ens ajudarà moltíssim i ens permetrà trobar amb més facilitat el símbol que volem inserir. Per fer aparèixer el menú flotant de comandes anirem a Visualitza -> Selecció. La veritat és que qui va posar aquest nom al menú s’hi va lluir… sembla fet espressament perquè la gent no ho trobi!

Part d’aquesta informació està extreta del manual de OpenOffice Math. El podeu consultar per ampliar els vostres coneixements sobre el programa, o també podeu consultar la pàgina web que contesta les preguntes més freqüents dels usuaris.

Anotacions relacionades:

• Apunts de dissabte
• Recull – 12/10/2009

El projecte ha estat desenvolupat i s’ofereix per part del Departament d’Educació de la Generalitat de Catalunya, i té per objectiu impulsar l’ús del programari lliure. A més a més, també es vol aconseguir l’extensió de l’alfabetització digital respectant la legalitat i la promoció dels principis del treball col·laboratiu. Linkat també incorpora tecnologia LTSP, acrònim de Linux Terminal Server Project, per tal de permetre la reutilització d’ordinadors i components en “aules de baix cost” tot allargant la vida útil del maquinari.
Tècnicament, Linkat és una distribució GNU/Linux basada en Novell Linux Desktop 9 (Linkat 1.0 i Linkat 1.1) i en Suse Linux Enterprise Desktop 10 (Linkat 2.0 i Linkat 2.1) que incorpora aplicatius de la distribució d’openSUSE i d’altres de propis, com el Jclic.

Utilitza per defecte l’entorn d’escriptori Gnome, tot i que també estan disponibles els escriptoris Kde i Xfce. Aquesta distribució incorpora programes molt coneguts en el món del programari lliure, com són el Nautilus, la suite de l’OpenOffice, el Gimp, el VLC i el Banshee.

Per altra banda, trobem el programari educatiu que fa que aquesta distribució sigui tan atractiva. Una llista d’aquests programes és: Tux Paint, Stellarium, QCad, Jclic, Geogebra, KmPlot, KPercentage, GNU Solfege, Kalzium, Vlab, GCompris i molts d’altres.

La versió actual de la distribució és la Linkat 2.1. Si us voleu descarregar una imatge del DVD d’instal·lació, ho podeu fer des d’aquest enllaç. Per altra banda, podeu consultar el manual d’ús, que està molt ben escrit i inclou tota la informació necessària per entendre com funcionen les coses en aquesta distribució. També hi són presents tots els programes que aquesta incorpora i una guia d’instal·lació. Finalment, es pot accedir al fòrum oficial de la Linkat i a l’espai WikiLinkat.

Sota el meu punt de vista, el desenvolupament d’una distribució  de GNU/Linux per implementar-la en els centres d’educació primaria i secundària és molt important. Ja està bé que els nens i el jovent creixin envoltats i influenciats per empreses de programari privatiu. Per alta banda, és inacceptable que la Generalitat es gasti els calers comprant números de llicència (que ni tan sols són programes). El projecte Linkat és molt rellevant i se li ha de donar una gran empenta!

Anotacions relacionades:

• Linkat 2.0 beta, publicada
• Festival Drumbeat a Barcelona

KTouch proveeix l’estudiant de texts per a practicar. El programa comprèn diferents nivells que s’escullen en funció de la pròpia habilitat i destresa. El programa utilitza un sistema molt senzill, en el qual es pot veure la següent tecla a prémer i el dit que hauríeu d’emprar per aquesta tecla.

KTouch té una sèrie de lliçons que estan constituïdes per nivells. Per superar un nivell s’ha d’arribar a una velocitat adequada i tenir un percentatge d’encert prou bo. Al primer nivell només tindrem dues lletres, la “f” i la “j”. Al segon nivell s’afegiran dues noves lletres, i així successivament fins que s’arribi al nivell 15, que és el màxim i en el qual s’acaba la lliçó. Per accedir a la lliçó en català anirem a Entrenament -> Lliçons predeterminades -> Català (autogenerat). Durant la sessió d’entrenament, s’obtindran estadístiques informatives comprensibles per ajudar-vos a analitzar el vostre progrés.

La primera vegada que inicieu KTouch, haureu d’ajustar la disposició de teclat anant a Arranjament -> Disposicions de teclat -> Spanish (es). D’aquesta manera podreu escriure els accents correctament, la ela geminada i la ce trencada. Per altra banda, també podeu configurar altres paràmetres del programa.

És adequat per a totes les edats i perfecte per a les escoles i universitats. Per instal·lar-lo ho podeu fer a través del gestor de paquets Synaptic. Si teniu qualsevol dubte sobre el seu funcionament, podeu visitar el manual d’ús. Recordar que KTouch és lliure i sota la Llicència Pública de GNU.

Si en comptes d’aprendre preferiu barallar-vos amb els amics, a veure qui escriu més paraules en un minut, podeu visitar aquesta pàgina web. Segur que us ho passareu molt bé!

No hi ha anotacions relacionades.